Cooköarna befolkades för första gången 600 e.Kr. av polynesier som migrerat från närliggande Tahiti i nordost. Överbefolkning på många av de små öarna i Polynesien ledde fram till dessa migrationer. Legender berättar att Rarotonga upptäcktes av Io Tangaroa från Marquesasöarna. Lite senare delade en kung från Tahiti och en från Samoa på området, som sedan delades mellan sex olika stammar. På 1500-talet emigrerade sedan folk från Cooköarna i stora kanoter till Nya Zeeland och dessa blev de maorier som dagens polynesier härstammar från på Nya Zeeland.
Spanska fartyg besökte öarna under 1600-talet och det första skriftliga omnämnandet av öarna kom från den spanska seglaren Álvaro de Mendana år 1595, som kallade det San Bernardo (St Bernard). Den portugisiska-spanjoren Pedro Fernández de Quirós gjorde den första landstigningen på öarna när han satte sin fot på Rakahanga år 1606. Han var den första europé som kom i kontakt med urinvånarna och dessa kallade han för ”gente hermosa” (det vackra folket).
Den brittiska upptäcktsresanden kapten James Cook kom till öarna 1773 och 1777, Cook namngav öarna ”Hervey Islands” för att hedra en brittisk amiral. Ett halvt sekel senare besökte den tyska amiralen Adam Johann von Krusenstern öarna och gav dem då namnet Cook Islands för att hedra Cook. James Cook var den som navigerade och kartlade största delen av ögruppen. Överraskande nog såg han aldrig huvudön Rarotonga och den enda ön han satte sin fot på var den lilla obebodda Palmerston atollen. Den förste europé som besökte Aitutaki var kapten William Bligh. Han kastade ankar med skeppet Bounty den 11 april, vilket var 17 dagar före det berömda myteriet.
Öarna såg inga fler européer förrän missionärerna kom från England 1821. Kristendomen tog då snabbt tag i kulturen och har förblivit den dominerande religionen idag.
Cooköarna blev ett brittiskt protektorat 1888, främst till följd av att man befarade att Frankrike skulle ockupera territoriet som de gjorde med Tahiti. 1901 annekterades det tillsammans med Nya Zeeland. Under andra världskriget byggde USA strategiska flygbaser på öarna Penrhyn och Aitutaki. Denna information framgick inte för omvärlden förrän öarna fick en självständig regering 1965. De utrikespolitiska och militära frågorna överlämnades dock till Nya Zeeland och till följd av detta fick öborna även Nya Zeeländskt medborgarskap. Detta ger dem fri in och utresa till både Nya Zeeland och Australien och rätten att arbeta i båda länderna. Många yngre invånare flyttar till Nya Zeeland för att studera och blir sedan kvar. Den första premiärministern var Albert Henry. Sittande premiärminister är Henry Puna som tillträdde 30 november 2010 och representerar Cook Islands party.